进化论的致命伤是找不到过渡生物，救星却是突变（Mutation）。1895年荷兰植物学家得弗莱里斯（De Vries）提出突变理论，作为遗传基因（gene）变异的原因。他指出，一个遗传基因的化学结构，偶然会发生微小的变化，即所谓突变。突变能在动、植物，什至人体上发生，使生物身上产生生理变化，并且这个变化还会借基因遗传后代。这突变理论马上被认定是推动进化过程的主要机能（mechanism）。

　　遗传基因在大约一千万个复制过程中，遇到完全偶然的时机发生突变，即基因在复制过程中出了差错，且绝大部分突变结果是有害的，会产生软弱的动、植物，或病态、畸形的生物。它们往往无法在生物种类里生存，终究会被自然淘汰。

　　达尔文却相信鲸鱼可由黑熊演变而来。他在《物种起源》的第一版中表示：「看见黑熊张开嘴……游泳几个小时，从而像一条鲸鱼一样，捕捉水中的昆虫。即使在如此极端情况下，如果昆虫的供应不变，又如果在乡村里没有更加适应的竞争者，我不难看到，在比赛中通过自然选择，熊在其结构和习惯上会愈来愈像水族动物；嘴巴愈来愈大，直到最后变成一个大怪物，叫做鲸鱼。」

　　这种滑稽的臆测，应该不是科学吧！可是达尔文的追随者不但相信这个，还相信「良性突变」使生物变得愈来愈复杂。事实却是：愈来愈多的科学家发现，原来合成论（Synthesis theory）与化石记录一样漏洞百出。

　　再换一个角度看，上帝给我们留下来的证据是：有生命的细胞近乎完全精确（near-total fidelity）地自我复制。它的误差低到没有任何人造机械可比拟。除此之外，还有内在的约束（constraints）。植物长到一定的大小，就拒绝再生长。遗传学的研究发现，在任何人为设计的环境，苍蝇都拒绝跨越苍蝇的类别。遗传系统最优先的顺序是固守组成和稳定化。

　　达尔文最热衷的支持者的孙子朱利安赫胥黎（Julian Huxley）发现育种者的变革有极限。他在1942年说：「尽管经过长期不断的努力，育种者没有给世界带来蓝玫瑰和黑郁金香。偏蓝的紫色（bluish purple）和深青铜（deep bronze）的郁金香是育种者长期不断努力的极限。真正的蓝与墨黑（jet black）已经证明是不可能的。」赫胥黎认为，这有限的变异是由于「缺乏可塑性」（modificational plasticity），变化只能达到这程度。换句话说，不同种类的植物在这方面有很大的不同。赫胥黎还说：「有些植物在各种各样的环境中（a wide range of environments），仍然『极其稳定，毫无改变』。」

　　稀有的误差真能造成新生命品种的出现吗？盲目的基因突变与其速度真能促成大进化吗？

　　发现盘尼西林的医治性能而获得诺贝尔奖的柴恩博士（Ernst Chain）在1970年断然否定，说：「我觉得，把适者生存与发展完全归结于机遇突变（chance mutation）的主张，是毫无根据的。这是一个与事实完全无法协调（irreconcilable）的假设。这些传统的进化论，把极端复杂和精细的事实（immensely complex and intricate mass of facts）过分简单地概括起来。令我惊奇的是，在这漫长的时间里，这个理论竟然被这么多科学家欣然地、毫无怨言、不加批评地吞嚥下去！」

　　的确如此。达尔文在他的《物种起源》里也坦白承认：「若我们能展示任何存在过的器官，这不能可借着许多持续的微小变化（numerous successive slight modifications）而形成，我的理论就绝对会瓦解。」事实就是：任何生物的器官，根本不可能借着持续的微小突变而形成。除此以外，达尔文在《物种起源》中又分析了人类「退化器官」的解剖学特征，并将这些所谓「退化器官」视为进化证据，最能说明自然淘汰和用进废退。他将这些特征称为「无用的或近乎无用的，因此不再受自然选择的支配」。

　　想不到的是，2009年7月30日的《国家地理新闻》报导说：「研究发现，退化器官毕竟并非完全无用（Vestigial organs not so useless after all, studies find.）。」阑尾、扁桃腺，各种看似多馀的部分，曾经一度被认为「即使不是完全没用，也是身体的多馀部分」。可是随着科技进步，研究人员已经发现，这些所谓「垃圾器官」其实都在勤劳地工作。